Cerita kelam yang tak berujung dari Steins;Gate ketika ilmuan gila, Okabe Rintarou berjuang untuk memulihkan dirinya dari kegagalan upaya dia menyelamatkan Kurisu. Demi melupakan masa lalunya, dia memutuskan menyerah dan berhenti sebagai ilmuan. Akan tetapi, ketika kehidupannya mulai kembali normal, dia kembali terseret ke masa lalu setelah bertemu dengan seseorang dari Kurisu. Orang tersebut bilang bahwa dia sudah memulai percobaan dimana sebuah alat dapat menyimpan ingatan seseorang dan menciptakan simulasi berdasarkan karakteristik dan kepribadian orang tersebut. Ketika Okabe mencoba alat tersebut, simulasi Kurisu yang muncul menjadikannya kembali merasakan penderitaan dan memunculkan tragedi baru yang tidak disangka-sangka.